「来吧，开始实验吧。」行星探测船从火星带回的神秘之箱“潘多拉魔盒”。从箱中释放出来的能量创造出了巨大的墙壁，日本从此被分成了三部分。10年后，在谜之怪人“猛击者”暗中活动的东都街头，传说存在着为了保护人们而战斗的假面骑士创骑。他的真身是丧失记忆的天才物理学家·桐生战兔。为了解开潘多拉魔盒之谜，为了取回自己的记忆，他的战斗拉开了序幕……

在火星上发现的神秘潘多拉魔盒引发了天空之壁的惨剧，巨大的天空之壁将日本分为东都、西都、北都三个部分。而在东都出现了被称为“猛击者”的未知生命体，不断袭击东都的市民。保护市民免受“猛击者”侵扰的就是由天才物理学家桐生战兔所变身而成的假面骑士创骑。战兔和龙我等人在追查猛击者的过程中，将一步步揭开隐藏在身边的惊天阴谋！