该片是国内首部以“扫黑除恶”行动为题材、展现全国扫黑办督办案件的影视化作品，讲述某扫黑专案组组长宋一锐带领组员由一起征地案深入调查，突破层层阻挠，与幕后的黑恶势力展开激烈斗争，最终揭开腐败官员利用公职权力充当犯罪保护伞的虚伪面具，将犯罪分子绳之以法的故事。

一个执行任务失误而导致人质男孩死亡的警察帕尤，离开警察队伍后，通过一系列考验，加入一个神秘的警方小组，打击罪犯。随着任务执行的深入，他发现小组真实情况与他想象的不一样，他最终做出了正确的选择。

在我国东部某沿海城市，一场轰轰烈烈的“扫黑”行动正在按照上级部署有条不紊的展开。根据热心群众的匿名举报，市刑警队组织警力对隶属于该市明星企业的下属产业——“辉煌港湾”俱乐部进行了提前布控，并突击检查。却在一个豪华贵宾间抓获了该市明星企业钱氏集团董事长钱大强的公子哥钱豪及业务总经理裴正。市刑警队长魏巍出于职业的敏感，怀疑他们二人正在参于数额巨大的违法犯罪活动，就此，一条接一条的线索被警察们揪出，一个大型的黑恶势力团伙最终被彻底连根拔起。

“扫黑风暴”继绿藤市之后席卷奎州，偏偏在督导组进驻的节骨眼儿上，李南北（肖央 饰）和俞青（范丞丞 饰）这对窝囊师徒竟意外抓获了潜逃多年的黑社会头目。一时之间，各方势力纷纷卷入，将矛头对准了于洪波（李诚儒 饰）和段毅（余皑磊 饰）带队的市公安局。黑恶势力正一步步进行着“合法洗白”，离奇旧案沉渣泛起，知名企业家、官员都被波及，调查过程历经生死，而对他们的考验，才刚刚开始。

女大学生离奇坠楼，刚调任到岗的刑侦支队副队长成锐被副局长杜于林指派追查背后隐情，发现案件与套路贷、暴力催讨等黑势力犯罪有关，本市企业家安亦明被列为重点侦查对象，成锐想进一步调查却被要求尽快结案，究竟是谁在充当“保护伞”？城市危机四伏，安亦明之妻周彤、经济学教授赵羡鱼纷纷身陷其中，为了还人民安宁，成锐和同事们突破难关追踪到底，却不想背后还有更大阴谋。真相究竟为何？他们能否将隐藏在黑暗中的罪恶一扫而尽？

明德市郊外发生了一起抛尸命案，公安局副局长杨栋带领整个警队深入调查咬死不放，逐步揭开以企业家林峰为首的顶峰集团杀人灭口、高利放贷、开设赌场攫取巨额利益等罪行。随着对涉黑势力的围剿与清扫，凶残奸诈嚣张无比的犯罪分子与缜密部署重拳出击的扫黑小队展开了激烈的交锋与火拼……