2110年，地球能源已接近枯竭，环境污染日趋严重。为了实现地外星系探索计划，人类制造了名为赛尔的机器人，并建造能源探索飞船赛尔号，寻找传说中的无尽能源。

新任狱警胡安为展示良好职业风貌，提前一天入狱体验工作。而在这一天里，犯人头目“恶母”击伤狱警，带领犯人暴动，监狱陷入了一片混乱……胡安因受伤被同伴丢弃在211囚室，为了避免被犯人们当做人质，他只得乔装罪犯，谋取恶母的信任，试图寻找脱身机会。犯人们以监狱中的三名刑期百年以上的“埃塔”恐怖分子要挟官方答应他们的谈判条件，因政府与埃塔方面有协议在先，监狱方与特别行动组投鼠忌器，迟迟不能强攻，致使局势僵持。另一方面，监狱暴动经媒体报道后引起连锁反应，家属们纷纷来到监狱探听消息，却遭到狱警们的毒打，胡安怀有身孕的妻

堡垒纪元2115年，边境部队出身的女少校“位沁”，来到中央堡垒参加天选者选拔，并因暗中追查“边境惨案”而屡遭暗杀。此时，堡垒头号公敌“元一”策动了一场诡谲浩大的反抗行动。一时间，各方势力都被卷入这场行动。