故事发生在第一部的四年之后，此时特警K（汤姆•李•琼斯 饰）已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J（威尔•史密斯 饰）则继续从事MIB的工作。 　　卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把 “萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。 　　面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相，怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在，成了J面临的第一个难题……

20世纪末，世界各地的天才少年组成了一个名为炼金之星的组织，其成员之一的高山我梦，作为XIG的一员，靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后，投入了同CRISIS计算机所预测到的根源性灭亡招来体进行的誓死决战中。另一方面，已脱离炼金之星的藤宫博也坚定地认为，对于地球而言，人类才是真正的癌细胞。他凭着蓝光的威力，变身成与盖亚相对立的蓝色奥特曼阿古茹·奥特曼。

盘古开天辟地后，天地万物重组，世间生灵涂炭，女娲之心一分为二流落凡间，相传两块女娲之心重合之时，便可打开结界唤醒星辰花，人间才可永保太平。数万年后，异象丛生，妙莲与冷明玉受天命而至，降生于世。她们出生当天，天生异象，风呼雨啸雷鸣。冷明玉被早已虎视眈眈的黑羽岛岛主暗中所操控，自小便性格与妙莲截然不同。而妙莲通过族人村长的指点，去找冷明玉，两颗女娲之心合并一起，才能去天龙寺寻找到星辰花........

外星人波先生犹如流星般重回艾飞小区，但是它竟然丢失了自己与好朋友YUMMY、MOCO之间的友情记忆。波先生带着带走MOCO的任务到来，用上千奇百怪的道具，试图要拆散YUMMY和MOCO。YUMMY和MOCO为了重新唤起好朋友波先生的记忆，不得不再一次面对重重友情考验！

一支由拉兹洛·安东诺夫领导的训练有素的罪犯组成的小部队在英吉利海峡深处劫持了“欧洲之星”。

20世纪末，世界各地的天才少年组成了一个名为炼金之星的组织，其成员之一的高山我梦，作为XIG的一员，靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后，投入了同CRISIS计算机所预测到的根源性灭亡招来体进行的誓死决战中。另一方面，已脱离炼金之星的藤宫博也坚定地认为，对于地球而言，人类才是真正的癌细胞。他凭着蓝光的威力，变身成与盖亚相对立的蓝色奥特曼阿古茹·奥特曼。

三轮元年幼时遇到过一个非常善良的老师，因此毕生的志愿就是成为一名和他一样的老师。师范毕业之后，三轮元被派往偏僻的乡村小学就职，那里的孩子们自幼出生在贫困的家庭之中，问题多多，难缠的家长和冥顽不灵的学校领导让三轮元四面楚歌，焦头烂额。尽管情势十分的不乐观，但三轮元仍旧没有放弃希望，他发起了“萤火虫饲养计划”，希望能够通过这一举动加深师生之间的羁绊。琪琪从小生活在破碎的家庭之中，性格十分的孤僻冷漠，但是她却相信，只要能够放飞萤火虫，就能够重新获得失去的母爱。

远古时期，有六位超人联手对抗怪兽守护着宇宙的和平。六超人之一的核心超人为了更好地保护民众，一直在追求最强大的力量。六超人为对抗怪兽，结合六人力量，提炼出了一股强大的能量——星之力，那是一股能突破黑暗的生命力量。但是六超人在提炼星之力的同时分离出了暗之力，暗之力拥有破坏性，为了宇宙的安全，核心超人主动将暗之力吸收。不想暗之力放大了核心超人追求力量的欲望，最终核心超人被欲望吞噬，变成了危害宇宙的暗魔。五超人只好用星之力打败了暗魔，并化成五颗能源核将暗魔封印，而星之力也不知去向。

流星坠落，新年家窗户下出现了一只大锤，触摸后变成呆头呆脑神志不清的大锤娃娃，新年好心帮助他。锤娃娃忘记了自己身世，连名字都记不起，一会儿说自己叫成龙，一会儿说自己是岳飞，一会儿又自称李小龙，从此锤娃终日不离新年左右。