故事讲述男主在女友、高等数学教授及FBI特工的帮助下，解开了近期出现不明飞行物的谜团。

一场灾难，地球大部分水源被污染，人类感染了病毒。老爹建立了塔城避难所，保护着干净的水源，一日避难所被不明人员偷袭，人员伤亡惨重，老爹生死不明，为了救父亲和避难所里面的其他人，老爹的两个女儿离开避难所前往塔城，一场与邪恶军团的战斗即将展开......

"住在九州的少女园田真理梦想成为一名美发师，她是一名孤儿，小时候被大企业智脑公司的社长收养。有一天，她突然收到了养父寄给她的特殊变身工具“555设备”，为了弄清楚是怎么一回事，她准备前往东京寻找她的养父。在路途中，她遇到了一个没有梦想、四处旅行的青年——乾巧，他们因为拿错包而起了纠纷。随后，一个不明怪物“俄尔以诺”袭击了他们，情急之下真理想利用555腰带变身，但设备却一直提示出错。在千钧一发之际，真理将腰带套到了乾巧的身上，没想到乾巧竟然成功变身成了假面骑士555