年轻的警察局长Ryo Kanzato正在追踪一种具有超自然力量的神秘力量。高中生死亡;还有一些人在这种奇怪的攻击中幸存下来，但却患上了“冷漠综合症”。“现在，他和他分居的弟弟申和军的额外负担，必须找到这些攻击和由一种叫做“影子提取”的危险青少年时尚所释放的角色之间的联系。

十五夜半，月华渐隐，迷雾生气，古宅初现，镜有灵狐，祭血方见，诡事频发，东华学院，动画高校依傍灵狐山，对外只是一所享有盛名的私立学院，然而平静的表象下，却悠久流传着关于古宅狐仙的惊悚传说，也因此被学生私下称为“灵狐高校”

因双亲要在海外出差，所以一人留在日本的主人公以一年为期限住在了舅父的家里。之后转校到八十神高中的他得知一个深夜电视的传言“在雨夜的十二时，只要看着关闭着的电视屏上自己的脸，就会浮现出另一个人的映像”。主人公与同伴为了确认这一传言是否属实，不料被拉进了异空间，在那里被称为暗影的怪物袭击，与怪物接触时主角一行人的Persona能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系，以及避免其他人被卷入该事件，他们组成了特别搜查队展开了战斗。

神秘事件管理机构“民调局”的特别调查员沈辣，在执行任务中身受重伤，濒死之际接受了六室主任吴仁荻的传承-蕴含神秘力量的“种子”。苏醒后，吴仁荻师兄-广仁收其为徒。为寻天理图碎片，沈辣在历经天山狼冢、能量反噬、基金会密谋等事件后，终获吴仁荻认可，得到他给与的远古神器-罪罚双剑。与此同时，民调局的内鬼问题也更加扑朔迷离，沈辣和搭档孙德胜再次投入战斗。